분자 동역학은 실험에서 제한되는 조건을 컴퓨터를 통해 변인을 바꿔가며 실험을 할 수 있고, 원자/분자 단위에서 입자의 운동에 관한 정보를 얻을 수 있는 방법론이다. 최근 분자 동역학은 나노 크기의 시스템을 이해하는데 사용하는 연구 수단으로써 점차 관심이 높아지고 있다. 본 고에서는 분자 동역학에 기반을 둔 분자 모델링의 연구 동향을 방법론의 개발 측면에서 소개하고자 한다. 특히 현재 대두되는 사회 문제 중 하나인 에너지, 환경에 분자 동역학을 적용하여 친환경적인 에너지 재료를 이해하고 설계하기 위한 노력과 동향을 소개한다.